До середины XIX века русской церкви в Праге не существовало. В начале 1860-х годов пражский магистрат предложил передать «для православного русского богослужения» принадлежавший городу пустующий костел бывшего ордена славянских бенедиктинцев на Староместской площади. Соответствующее письменное предложение было послано настоятелю русской посольской церкви в Вене протоиерею М. Ф. Раевскому, и в 1868 году этот храм был на 30 лет взят в аренду Русской Православной Церковью.

Собор святителя Николая (по чешски — Микулаша) находится в самом сердце Старого города, недалеко от ратуши со знаменитыми курантами, и является одним из самых значительных памятников чешской архитектуры периода барокко. Он был заложен немецкими купцами еще в ХIII столетии. В 1732-1735 годах храм был полностью перестроен по проекту архитектора К. И. Динценгофера, одного из самых прославленных мастеров пражского барокко.

Собор свт. Николая на Староместской площади в Праге

Уклончивая позиция австрийских властей помешала русским приобрести этот храм на предложенных Прагой выгодных условиях. Более того, арендный договор пришлось заключить на имя частного лица графа П. А. Голенищева-Кутузова, председателя Славянского комитета. Однако идея восстановления православного богослужения на чешской земле нашла широкий отклик в славянофильских кругах России, собравших средства для ремонта и переоснащение здания. Священный Синод предоставил утварь, облачения, книги и ризницу, московская дума пожертвовала колокола. При ремонте пышный барочный интерьер храма, с обилием лепки, позолоты и росписей, был сохранен.

Никольский храм был освящен 4(16) августа 1874 года, но вскоре австрийский наместник его закрыл. Апелляции чешских адвокатов не помогли, и потребовались дипломатические демарши в Вене, чтобы «пражская церковь была ограждена от подобного произвола администрации». После этого богослужения были разрешены, но с некоторыми ограничениями, например, нельзя было вывешивать на дверях объявления о них и совершать крестные ходы на площади. В конце ХIХ века православный храм получил ценный подарок. Император Александр II передал в дар пражской церкви огромную хрустальную люстру в форме короны Российской империи. Люстра была изготовлена на Гарраховском стекольном заводе в Чехии и до сегодняшнего дня украшает интерьер храма.

В 1901 году настоятелем назначили служившего в Вене протоиерея Николая Николаевича Рыжкова, ревностного хранителя православия, выдающегося проповедника и миссионера. В память о нем в храме установлена мемориальная доска. Она расположена на одной из колонн, слева от входа со стороны Капровой улицы. Надпись на чешском языке гласит: «Мученик за православную веру и верность славянству протоиерей, в 1901 — 1914 настоятель этого храма, отец Николай Рыжков. 26.09.1868 — 06.02.1920.»
После начала Первой мировой войны австрийские власти стали с еще большей антипатией относиться к живущим в Праге русским. Особенно австрийцев раздражало то, что в Никольском храме молились о победе русского оружия. Поэтому в 1916 году под давлением австрийских властей магистрат в одностороннем порядке расторг договор аренды и храм был превращен в гарнизонный костел. Колокола попали под конфискацию, разделив участь почти всех пражских колоколов. Богатое убранство храма и церковное имущество было сложено в подсобные помещения, а часть его пропала.

После образования независимой Чехословацкой республики, Прага становится одним из главных центров русской эмиграции. В 1919 г. православные богослужения в соборе святителя Николая были возобновлены. Однако городские власти сдали храм в аренду Чехословацкой церкви, поэтому русские и чешские богослужения проходили поочередно. В храме не было престола, иконостас устанавливали перед каждой службой и по ее окончании убирали. Права настоятеля прихода были сильно ограничены. Условия были тяжелыми как для духовенства, так и для верующих, поэтому регулярные богослужения начались только с зимы 1921 г. Одновременно в приходе появился профессиональный хор под руководством Ф.Ф.Никитина. В 1922 г. настоятелем пражского русского прихода становится епископ Сергий (Королев).

Русский православный приход в Праге находился под юрисдикцией митрополита Евлогия (Георгиевского). По его воспоминаниям, «приходская жизнь под водительством владыки Сергия забила ключом. Скромный, простой, смиренный, преосвященный Сергий обладал редким даром сплачивать вокруг себя людей самых противоположных: знатные и незнатные, ученые и неученые, богатые и бедные, «правые» и «левые» — все объединялись вокруг него в дружную семью».

После окончания Второй мировой войны православные богослужения в Никольском соборе были прекращены, его настоятель архимандрит Исаакий арестован НКВД, а епископ Сергий переведен в другую епархию

Вскоре после прекращения богослужений в Никольском соборе епископ Пражский Сергий (Королев) благословил открыть домовую церковь святителя Николая в «профессорском доме», расположенном в пражском районе Дейвице. В 1924-1925 гг. в этом районе силами чешско-русского строительного товарищества было построено несколько жилых домов для профессоров и преподавателей высших школ, деятелей науки и культуры. В одном из домов в полуподвале был отведен небольшой зал для семинаров, занятий с детьми, рождественских праздников и других общественных мероприятий. В этом зале и была освящена небольшая домовая церковь.